结果打了一月有余，东北民主联军伤亡8000多人（存疑），还是被果军突破了阻援防线，敌人从3面向四平合围上来。危机时刻，林彪大胆行事，未经请示，坚决将部队从四平撤了出来。谁知又是一道指示，命令林彪在吉林与长春之间就地组织防御，再次阻击北上的果军，保卫大长春。林彪当机向延安汇报，经过一个多月的连续作战，部队损失很大，疲惫不堪；而且新编成的部队成份复杂，仅哗变、逃走的就有5万之多，现已无力再战。
同时林彪向延安郑重提出，不在乎一城一地的得失，继续放弃吉林、长春，除留下部分主力坚持南满外，大部队向北满、西满方向转移。最终延安采纳了林彪的建议，并在林彪率军撤退的路上，宣布调整东北局现有领导机构人员，任命林彪为东北局第一书记，民主联军总司令兼政委，并授予他全权处理东北党政军之事，在东北实行以他为首的“一元化”领导。
此时是1946年6月，距林彪出关大致有8个月的时间。一朝权在手，便把令来行。林彪利用果军战线过长，兵力分散，无力再战停止休整的间隙，采取了以下强有力措施：在北满发动群众，实行土地改革，建立巩固的根据地；将从南满抢运过来的兵工设备，迅速利用起来，建成6个兵工厂。同时大力进行清匪反霸、扩编部队、严格训练等工作。
正因为林彪措施得力，针对性强，仅仅4个月，北满根据地就发生了天翻地覆的变化。原先民主联军，只有3纵、4纵，2个纵队级野战部队，此时又新编成了1纵、2纵、6纵，从而使民主联军有了强大的野战能力。同年底，果军东北保安司令长官杜聿明，针对民主联军，制定出“北面防御，南面进攻”的战略。果军集中6个整编师的兵力，大举进攻南满根据地。
林彪针对杜聿明的战略，反其道而行之，制定出“南打北拉、北打南拉”的对敌方略。为此，民主联军发起了“三下江南四保临江”战役。在3个多月的时间里，歼战4万余人，解放城镇11座，由此粉碎了杜聿明的作战企图，迫使果军转入防御态势。林彪从全面主持东北战局开始，到“三下江南四保临江”战役结束，用时也是8个月左右的时间，这8个月的时间，迫使果军由战略进攻转入防御态势。
经过一个月的休整，心思缜密，善于总结的林彪，针对“三下江南四保临江”战役民主联军所暴露出来的问题，专门在哈尔滨召开了师以上干部会议，对每一个问题都集思广益，研究对策，并进行实兵演练，使民主联军的战斗力得到了显著提升。与此同时，林彪还大刀阔斧，对哪些不适应新形势下指挥作战的高级将领，进行大范围调换。5个主力纵队，就先后有1纵、3纵、6纵，3个纵队的军事主官被调换，创解放军各战略区之最。
