这2个分开的殖民地直到1691年才联合起来，形成马萨诸塞湾省。波士顿建造在一个半岛上， 通过一个狭窄的地峡与大陆相连，并被马萨诸塞湾和后湾--查尔斯河的河口所环绕。波士顿的早期欧洲移民最初根据这里的三座小山丘命名为三山城（Triqountaine）；后来根据移民中一些杰出人物的家乡--英格兰波士顿 （林肯郡）的名称重新命名。
当时，波士顿的居民绝大多数是来自英国的清教徒。马萨诸塞湾殖民地最初的统治者约翰·温斯罗普发表过一篇著名的布道词，题为“基督徒慈善的典范”，认为波士顿与上帝之间存在着特别的契约。温斯罗普还带动了剑桥协定的签署，这份协定被认为是创建该市的关键文献。清教徒的道德规范在波士顿塑造了一个极端稳定、结构良好的社会。
例如，在波士顿建立不久，清教徒就创立了美国第一所公立学校波士顿拉丁学校（1635年），和美国第一所大学哈佛大学（1636年）。直到今天，努力工作、道德正直、重视教育仍然是波士顿文化的一部分。1770年代初，英国人尝试全面控制13个殖民地，主要通过征税，促使波士顿人发动了美国革命。波士顿屠杀、波士顿茶叶事件，以及美国革命几个早期的战役——列克星敦和康科德战役、邦克山战役和波士顿围城战，都发生在该市或附近的地方。
保罗·列维尔著名的午夜骑行也发生在这一时期。美国革命以后一段时期内，由于波士顿是美国距离欧洲最近的一个主要港口，因而它迅速发展了海外贸易，向欧洲出口朗姆酒、鱼、食盐和烟草，成为当时世界上最富裕的国际商港之一。这一时期，一些波士顿名门世家的后代成为了美国社会文化的精英；他们后来被称为波士顿婆罗门。1822年，波士顿得到特许状，正式取得了城市身份。
19世纪中叶，波士顿的制造业在重要性上压倒了国际贸易。此后直到20世纪初，波士顿仍然是美国最大的制造业中心之一，其中特别以服装、皮革制品和机械工业著称。该市通过附近的小型河流连接了附近地区，方便的货运使工厂的增设成为可能。后来，密集的铁路网更加促进了该地区的工商业繁荣。从19世纪中后期起，波士顿的文化开始繁荣起来，以慷慨的艺术捐助者著称。
这一时期的波士顿还成了废奴主义运动的一个中心。1820年代，由于第一波欧洲移民潮的到来，波士顿的人口构成开始发生戏剧性的变化。大批爱尔兰人和意大利人移居该市，将他们的罗马天主教也带到这座城市。截止至2013年，天主教是波士顿最大的宗教团体，从20世纪初起，爱尔兰人开始在波士顿政治中扮演重要角色，肯尼迪家族就是其中的杰出代表之一。
