期间，由于布朗被炒，短暂地加盟过勇士队作为唐-尼尔森的助教，而老尼尔森的炮轰理念以及勇士队无处不在的错位攻防，都给了波波维奇很大的启示。待回到马刺担任球队总经理，并在不久之后炒掉主教练决定自己执掌教鞭之时，波波维奇已经认为自己做好了迎接挑战的准备——实际上他当时并没有，那一季由于大卫-罗宾逊的受伤，马刺仅仅拿到了20胜。
不过也因此，他们迎来了一个关键的转折点，在选秀大会上带回了今后20年的球队基石——蒂姆-邓肯。后面的故事大家都知道了，波波维奇生涯执教的1883场常规赛征程中，他取得了1272胜611负的成绩，胜率高达67.6%。生涯24个赛季中，除了第一个赛季和尚未完结的19-20赛季，中间的22个赛季都没有缺席季后赛。
其中13个赛季胜率破7成，把老爷子比作联盟里的“常胜将军”也不为过。波波维奇共执教了284场季后赛，取得了其中的170胜，胜率为59.9%，接近六成；6次杀入总决赛，赢下了其中的5次。执教生涯对比，两人一时瑜亮从带队成绩来看，两人都是和“红衣主教”奥尔巴赫一样，历史第一档的存在。相比“神算子”帕特-莱利、梦一队主教练查克-戴利、湖人名帅约翰-昆德拉等人，要么是胜率更占优势，要么是总冠军数量更多，总之能达到“禅波”二人级别的少之又少。
而两人的横向对比的话，从带队成绩来看，“禅师”从胜率和总冠军数量来看，都稍占优势一些，差距不大。执教风格不同，殊途同归相较于波波维奇对球队的大包大揽，仿佛球队“教父”一般的存在，菲尔-杰克逊更喜欢轻松的氛围，强调和球员们良好的合作关系。也许正是因为他这一执教风格，在公牛和湖人，他始终没有得到超越主教练的权限；而在尼克斯终于得以掌权的杰克逊却未能把球队带离泥沼，甚至他力排众议亲自选来的波尔津吉斯也公开反对他，最后落得一地鸡毛，也许“禅师”还是更适合作为一个单纯的球队主教练。
波波维奇的铁血执教及独具慧眼波波维奇的执教风格带有浓厚的军队气息，这与他在空军服役过的军队履历不无关系。波波维奇最令人称道的是他的“知人善用”，他看中的球员在马刺总能扬长避短，发挥出自己的特点，成为球队轮换的重要一员。所有从马刺走出来的球员，身上都会带有浓浓的“马刺系”气息。他似乎有着一种总能发现球员潜力的魔力。
其实，在波波早期的执教中，他的风格并不是这样的，在一开始，他也是一位习惯依赖巨星，喜欢打巨星球的教练。这点我们可以从他对邓肯的使用中可以看出——在03-04赛季之前，邓肯的赛季场均出场时间清一色地超过39分钟甚至40分钟，在03-04赛季，邓肯因为脚踝扭伤和膝盖伤势的影响，仅仅打了66场比赛，此时波波维奇意识到应该更为合理和科学地使用邓肯，来延长他的职业生涯。
