但问题的另一方面，用东王杨秀清节制南、北、西、翼诸王的领导制度缺陷，则是杨秀清不断坐大、权力欲膨胀的重要原因。这是洪秀全在领导体制设计上考虑不周而酿成的苦酒。这坛子苦酒犹如放倒众王的毒酒，在一定程度上导致了太平天国最终以失败收场。第二，战略决策失误。太平天国起义军一直采取长距离奔袭攻打和占领目标城市的作战方式，没有建立稳固可靠的后方及根据地。
在攻占南京后，洪秀全就暴露了其农民的阶级局限性，“小富即安”，忙着立国，急着享受，基本上就没有再采取大规模的进攻作战行动，既没有一鼓作气直捣清朝老巢京城，又没有继续扩大胜利战果。及至后来，派林凤祥、李开芳北伐进攻京城之时，又是孤军深入，既无外援支持，又缺后勤保障。这是兵家大忌，从而导致北伐彻底失败。第三，领导集团严重内讧。
天京事变是太平天国领导集团内部定都立国后发生的一次公开的严重分裂。杨秀清的擅权及专横霸道作派激起了洪秀全及其他一些王的极度不满，于是洪秀全借用北王韦昌辉和翼王石达开之手诛杀了杨秀清及其家人，包括亲信部众，尔后又设计诛杀了韦昌辉及其家人，包括部众。而对石达开又处处牵制，导致石达开率部出走后被清军全部剿灭。
此次变乱使太平天国元气大伤，并丧失了乘胜歼灭敌人的有利时机，是太平天国由盛转衰的转折点。第四，没有解决农民利益问题。太平天国革命是一次声势浩大的农民起义。以洪秀全为代表的农民领袖因其自身的阶级局限性，提不出符合当时中国社会实际的革命纲领。太平天国的阶段性局部性成功，是参加起义的农民用鲜血和生命换来的。
然而，取得阶段性局部性胜利后的太平天国领导者却没有认真解决农民当初造反革命的目的——温饱和土地。尽管当时已经提出了天朝田亩制度的方案，但由于各种原因在其统治区域并没有得到认真执行。以上主要是从内因上分析的。外因上，比如碰到了曾国藩这个难对付的很强大的对手，比如，帝国主义势力的参与绞杀。限于篇幅，这里不再详谈。
知败因而明胜策，尽管这多少有事后诸葛亮之嫌。如果我是洪秀全，怎样改变才能使太平天国不败呢？首先一个改变就是，完善领导体制，把高层的组织运作机制搞好。既然洪秀全是天王，那么，其他诸直属将领就不能称呼为王了，叫什么呢？叫帅，设东帅、南帅、西帅、北帅、翼帅，并且，五帅地位平等，权力同等，由天王直管，对天王负责。
这是必须的。同时，由天王和五帅组成天王议事会，一切重大事项皆通过天王议事会研究决定，按少数服从多数原则行事，天王为召集人和决策者。第二个改变是，占领南京后，不是急着忙着开国，而应该是双管齐下：一方面，扎实经略南京和苏杭及其周边地区，建立稳固的江南大后方及其根据地，包括起义首发地广西也要经营好；另一方面，调派强将精兵分三路每路至少8万人大举北伐，争取尽快占领北京，推翻清廷。
