高第上任后，认为关外必将不保，力主将辽锦守军撤回关内。督屯通判金启倧、兵备副使袁崇焕等人坚决反对高第这样做。金启倧质疑到：“锦州、右屯、大凌三城都是前锋要地，如果撤兵，已经安居的百姓将再次被迁徙，收回的疆土再次沦陷，关内外还经得住几次退守”？袁崇焕也劝阻道：“费力收回的疆土怎么能轻易放弃呢？锦州、右屯动摇，宁远便会难保，进而会使关内失去了保障”！ 但高第一意孤行，执意撤离，并打算撤掉宁远的军队，袁崇焕表示宁愿死在宁远，也不愿撤回关内，高第便强行锦州等地军民撤离，丢弃米粟近10万石，迁徙路上饥饿病冻死亡的百姓很多，一路上哭声震野，军民怨声载道，袁崇焕见高第意气用事，便再次上书请求回家为父守丧尽孝，但遭到了朝廷的再次拒绝，并升袁崇焕为按察使。
天启六年（1626年）正月，努尔哈赤得知孙承宗被罢免，亲率大军西渡辽河，二十三日，后金军抵达宁远，辽东经略高第和总兵杨麟拥重兵于山海关，就是不肯去救援宁远。袁崇焕得知后非常气愤，即与大将满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可纲等将士盟誓、写下血书以示守城决心。袁崇焕一面坚壁清野，一面让同知程维楧盘查奸细，同时派通判金启倧守护粮草。
并传檄给后方前屯守将赵率教、山海守将杨麒说：如有我处将士逃到你处，可将其斩杀。努尔哈赤将抓到的明朝百姓放回宁远，并让回去其劝说袁崇焕等投降，遭到袁崇焕的拒绝。努尔哈赤命军强攻，遭到宁远强大的炮火打击，后金军损失惨重，攻城部队被明守城将士打得溃不成军。努尔哈赤本人也被打成重伤，只得下令退军。遗憾的是：明将金启倧却因为点火炮时引燃火药而被烧死。
明廷得知宁远保卫战胜利的消息，升袁崇焕为右佥都御史，其他将领也有擢升。天启六年（1626年）三月，明廷重新设立辽东巡抚署，令袁崇焕担任辽东巡抚。魏忠贤则派其党羽刘应坤、纪用作为副手一同前来镇守，袁崇焕上疏请求将这些人调离，但遭到朝廷拒绝。袁崇焕此时位高权重，军功战果颇多，开始娇纵跋扈起来。看不起这个、瞧不上那个，得罪了不少人。
袁崇焕先与大将满桂不和，又对经略王之臣不满。明廷担心袁崇焕、王之臣二人闹矛盾影响大局，便将他两人分开，王之臣督关内，袁崇焕守关外。同年八月，努尔哈赤病死，袁崇焕派遣使者前往吊唁，以刺探虚实，皇太极遣使回报。袁崇焕打算与后金议和，亲书一封再次派遣使者前往。没想到这封信为自己埋下祸根。这年十月，袁崇焕率领刘应坤、纪用、赵率教等将领巡视锦州、大小凌河等地，想在此大兴屯田，恢复高第放弃的疆土。
