许多有利于边疆的事情，并不一定都是利于自身的。况且我们谋取敌人，敌人也可以离间我们！因此，作为边疆的大臣实在很难。陛下爱护臣、了解臣，臣何必过于疑虑惧怕呢？但心中所畏惧的是朝中流言蜚语啊！因此不得不告诉陛下”朱由检也一一答应了袁崇焕。同年六月，袁崇焕传令东江各部上岸，射箭比武，打算适当时候收复东江重要港口旅顺。
被左都督、平辽总兵官毛文龙所否决。崇祯二年（1629年），驻守宁远、锦州的部分士兵因为军饷之事而哗变，袁崇焕用计将其平定。袁崇焕认为这两处的将领朱梅等人不力，予以撤换，让祖大寿镇守锦州、何可刚守宁远，赵率教守山海关，又遭到毛文龙的反对。袁崇焕认为驻扎在东江毛文龙虽能牵制部分后金军，但毛文龙耗费的钱粮实在太大，上次闹军饷引起的哗变，就是毛文龙挪用锦州、宁远军饷供自己挥霍造成的。
因此，袁崇焕建议朝廷派人监管毛文龙部的军饷财物，毛文龙认为袁崇焕与自己过不去，反而上书说了袁崇焕不少坏话。毛文龙到袁崇焕处请示工作，袁崇焕用上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让、还嫌弃招待不周，当众说了不少傲慢难听的话。袁崇焕一忍再忍，一再谦让，毛文龙得寸进尺、变本加厉、袁崇焕于是决定杀掉毛文龙。崇祯二年（1629年）六月，袁崇焕借阅兵为名，渡海来到皮岛，毛文龙前往迎接。
毛文龙见了袁崇焕，言辞傲慢。袁崇焕以邀毛文龙观看将士骑马射箭为名，将毛擒获，厉数他十二大罪，取出尚方宝剑，将其斩首。崇祯帝生性多疑，在朝臣鼓捣下，便生疑心。好在自己对袁崇焕有过承诺，加之自己对毛文龙早有不满，也就没有声张，将这事压了下去。袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕毛文龙的部下哗变，便增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，时间长了，人心难免背离，以后难以驾驭，再生枝节。
袁崇焕上书给明廷：“东江镇是牵制敌人所必须依托的。现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千”。朱由检对兵员减少、军饷反增的事感到疑惑，但见是袁崇焕亲自奏请的，也就没说什么。崇祯二年（1629年）十月，也就是袁崇焕斩毛文龙后三个月，后金主皇太极举十万精兵，在皇太极率领下，绕道蒙古，突破长城喜峰口，攻陷遵化，直迫明都北京；十一月十八日，满清大军兵临城下，北京戒严，明廷急调各路勤王军保卫京师。
发生了历史上著名的“己巳之变”。 袁崇焕得知后金军入关，直逼京城，于是千里迢迢赶来救援，并派遣任守忠率领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之围遂解。袁崇焕原本应在蓟州、通州一带与来犯之敌展开决战，以确保京城安全。但由于守蓟门关的明军满桂部疏于防备，皇太极几乎在没有受到任何阻拦的情况下通过天险蓟门关，兵逼北京。
