等到皇太孙继位成为大明皇帝后，朱济熺、朱尚炳也早就各自继承藩国，成为晋王、秦王。他们对堂兄建文帝感情深厚，恪守君臣之礼，严守臣节，建文帝也多次下诏表彰这两个当年的同学、堂弟，以为宗室表率。在建文元年（1399年）爆发的“靖难之役”中，朱济熺的四叔、燕王朱棣从北平起兵，和侄子建文帝展开了三年之久的叔侄内讧，大打出手，以争夺大明社稷。
在“靖难之役”中，朱济熺和秦王朱尚炳是坚决站在建文帝一边，对四叔朱棣加以斥责和声讨，虽然没有什么实质性的后果，不过依旧让标榜“师出有名、奉天靖难”的燕王朱棣如鲠在喉，极度不快，对这两个侄子大为光火，嫌隙就此种下。建文四年（1402年）六月，燕军在朱棣率领下长驱直入、渡长江直扑京师而来，建文帝紧急发布勤王令，向包括秦王朱尚炳、晋王朱济熺在内的诸王大臣们求援，让他们率军来援。
可是燕军行动迅速，勤王令刚刚发出，京师就告破了，燕军入城后建文帝在大乱中失踪，燕王朱棣在祭拜了太祖的孝陵后宣布登基称帝，即大明第三代皇帝——明太宗（成祖）。朱济熺对成祖篡位之事一直以来就心怀不满，多次在太原藩邸内流露出对皇帝四叔的抵触和反感，同情被赶下皇位的建文帝，这导致他被三弟平阳王朱济熿搜罗证据在成祖面前诬告诋毁（其实也不算，因为大多是事实）。
于是成祖在斥责处理了秦王朱尚炳后，转过头来开始借平阳王朱济熿之手对付晋王朱济熺这个一样对自己心怀不忿的侄子。永乐十二年（1414年）十一月，成祖明发上谕，以晋藩平阳王朱济熿所提供的证据为理由，斥责晋王朱济熺：“尔谋为不轨，自绝于天，自绝于祖宗。论尔之罪，有不容诛重。念恭王手足之义，特全尔生，令守恭园。
其闭门念咎，杜绝外交，改过迁善，以保令终慎之哉。”成祖将晋王朱济熺废为庶人，连同他被牵连而废去晋世子称号的长子朱美圭一起，安置于晋恭王朱棡的陵园内，以“守陵”为名加以软禁，改立晋恭王第三子、告密的平阳王朱济熿为继任晋王。朱济熿也是第三任晋王。朱济熿通过诬告兄长获得晋王之位后，更加骄横膨胀，不但肆意欺辱虐待被软禁在父亲晋恭王陵园内的大哥朱济熺父子，减损他们的衣食起居待遇，甚至命人把朱济熺父子关押起来，不允许他们和外界联络。
之后，坐稳了晋王之位的朱济熿还暗中和觊觎皇位的堂弟汉王朱高煦勾结，密谋帮助汉王夺取储位，以图自己晋王之位更加牢固。另外，朱济熿对于同情大哥、和自己不是一条心的五弟宁化王朱济焕，毫不客气，以其“行事有过失”为由，停了朱济焕的岁禄，把他拘禁在山西按察使衙门，吃尽了苦头。永乐二十一年（1423年），因为实在受不了朱济熿的迫害和苛待，晋藩属员中有人冒死从太原逃出，逃到京师向成祖控告朱济熿这些年来虐待大哥废晋王、在藩国内倒行逆施的种种不法之举。
