内因主要是指人的肾气，外因是外感六淫、疮毒之邪，以及肾毒药物。肾气充足的人，即使存在外感六淫或疮毒之邪入侵，肾毒药物常规剂量的使用，也不会发生肾炎。这种认识符合《素问·刺法论》中“正气存内，邪不可干”的论述。而肾气不足之体，在外感六淫与疮毒等侵袭下，病邪可乘虚而入，导致肾炎的发生。邹云翔教授所述之“肾气”，指人的体质、肾的气化、人体的正气等功能。
邹云翔教授曾说，暴病多实，久病多虚，肾炎也是如此。多实不是皆实，实中常夹有虚象;多虚不是均虚，虚中亦夹有实候。因此，急性肾炎和慢性肾炎的治疗，是从虚治，是从实治，还是攻补兼施，不是从急慢性来区分，而是依据辨证来决定的。虽然纯虚纯实之证亦有，但大多是本虚标实证，特别是慢性肾炎，因此务必重视扶正祛邪。根据不同病程，不同病情，虚实之间孰轻孰重而灵活处理。
由于慢性肾炎发病原因主要是肾气不足，因此在治疗上，应以维护肾气，加强肾脏气化功能为根本原则。损害肾气之药物，克伐肾气之方剂，是治疗肾炎所应绝对禁忌的。维护肾气的措施，主要是一方面在用药上常在辨证中伍以益肾之品，如川断、桑寄生、杜仲、枸杞子、地黄、玄参、山茱萸之类，而又根据患者某些体虚正亏的具体表现而注意扶正。
如容易感冒的要注意补气固卫，玉屏风散进治等;另一方面主张忌用损伤肾气的药物，防止克伐肾气的方剂，避免过用苦寒、辛凉之品。必须用时，时间宜短，剂量要小，同时要注意适当的配伍。如黄柏与苍术同用，知、柏常配肉桂，川连伍以吴萸等。西药中损害肾功能的抗生素等药临床要慎用、少用，尽量不用。对慢性肾炎已存在肾损害者，更应注意维护肾的气化功能，切忌一味攻伐。
肾功能受损时，其病变之本是肾气虚损，而水湿、湿浊、湿热、血瘀等即是因虚致实的病理产物，同时又是加重肾衰发展的病理因素。治疗原则当维护肾气，治病求本。临证中权衡标本缓急，辨证施治。一般病情稳定时，以扶正维护肾气为主，佐以和络泄浊祛邪;标急危重时，以祛邪为主略加扶正，通过治标祛邪，清除可逆因素，为治本创造有利条件。
对存在肾损害者可使用制首乌、菟丝子、冬虫夏草、太子参、连皮苓、茯苓、泽兰、泽泻、车前子、制大黄等，其补气不滞、滋肾不腻、温阳不燥，祛邪不伤正气，平补平泻，缓缓图治，而达延缓慢性肾衰进展速度的目的。过用补益，易滋腻助湿，妨碍脾胃运化;过用峻猛泄浊，则可致肾元受损，雪上加霜。故宜补肾中兼以健脾，淡渗利湿中配合缓泻泄浊。
