如何因势利导、积极发展同中亚的友好关系并制定适宜的中亚政策关乎着清朝在新疆的稳定统治。事实证明，早在1765年爆发的乌什起义中，起义者就已经向中亚的一些统治者请求予以支援。而在清中期直至清末新疆爆发的数十次动乱中，几乎多与中亚相关。这些中亚的统治者虽然在清朝统一新疆后不久，就向清朝表示了臣属之意，建立了与清朝之间的封贡关系，但是这种关系在很大程度上只是时势的一种产物，而并非完全出于这些中亚统治者之本意。
以浩罕为例：如佐口透所述，浩罕的额尔德尼汗发展同清朝的封贡关系，乃是因其政权成立时间尚短、不够强大，震慑于清朝军威所为；同时也借清朝给中亚带来的政治稳定局面之机，对外进行扩张渗透，加强对国内的统治。因此，尽管表面上效忠清朝，但浩罕政权却庇护着和卓后裔，并与南疆的维吾尔人和喀什噶尔的亲浩罕派的伯克保持着秘密联系，不断给予喀什噶尔地区的维吾尔人以有形和无形的援助，准备着将来向东的扩张。
清朝对此亦有所察觉，并采取了一些防范性的措施。直到嘉庆时期，伊犁将军松筠针对和卓后裔萨木萨克事件，还指出要严禁阿奇木伯克“假称访查事件（即访查和卓后裔萨木萨克——作者）率与霍罕伯克致书送礼”，显示出清政府对浩罕与南疆当地伯克之间关系的警惕性。如此，则不难理解在清朝的中亚决策中，其对于维持中亚的政治稳定、约束那些企图地区称霸者的需要。
清朝统一新疆后，虽然对中亚并没有如准噶尔和俄国那样的领土上的要求，只在理论上对中亚各部实行“羁縻”，但是要求它们“俾通天朝声教”、“约束所部，永守边界，不生事端”。因此，清朝对待中亚各部，既不刻意拉拢支持某部，也不刻意打击某部；对于那些积极扩张、企图称霸的中亚部落，清朝则给予一定的约束，加以制止，尽量维持各部的实力均衡，其中典型的例子是巴达克山。
巴达克山统治者素勒坦沙在清朝追捕大小和卓兄弟的行动中，由于曾将其擒献清朝，虽被认为违背了伊斯兰经典，遭到阿富汗、浩罕等其他中亚各部的强烈敌意，但却得到清朝的支持。巴达克山遂以此为恃，开始向周边扩张。此举遭到清朝明确的反对与驳斥。如1762年，叶尔羌办事都统新柱在其奏折中写道：“拔达克山素勒坦沙统众抢掠博罗尔游牧，围困城池，博罗尔沙瑚沙默特情急求救，已遣使将素勒坦沙严行斥责。
”清政府后来又命令巴达克山将掠夺博洛尔之物归还，命其“不可夺其土地人民”，要“和睦邻封”，否则就要“发兵问罪”。清政府明确表示：“素勒坦沙等，若因俘献霍集占等，致邻部兴兵攻伐，伊等力不能支，或失地来投，我发兵戡定其难，尚属可行。今欲藉兵威以开游牧，自当明白晓示。”巴达克山企图依靠清朝庇护对外进行扩张便以失败告终。
